民间传说，当年郑成功力收复台湾，筹造战船时，因运输困难，急需木材，临时向青礁"东宫"拆借两殿木料，并请匠人在"东宫"依样塑造吴真人金身，祈请压阵助战，许愿"收复台湾后重建故宫"。台湾收复后，郑成功军队便在学甲镇郑军登陆处，修建一座仿如青礁吴真人庙的"慈济宫"，供奉随军压阵的吴真人全身。因此，学甲镇慈济宫，便成为台湾第一座保生大帝庙。
作为吴真人本源之地的厦门，信奉保生大帝的自然非常之多。据清道光间《厦门志》所载，厦门单独奉祀保生大帝的庙宇虽然只有吴厝巷寿山宫、桥仔头玄妙宫、马柱青龙宫、后莲鳌山宫4座，但同时奉祀天后和吴真人的宫府却达23座之多。考虑到清廷对妈祖的大力推崇，估计有一些宫庙，原本是只奉祀保生大帝，后来在官方的鼓吹下，才一道供奉妈祖。如西门外的慈济宫，也是同时奉祀吴真人和妈祖的。但从宫名可以看出，原先必是保生大帝庙，妈祖当是后来才摆进去的。
对保生大帝的信仰，在台湾民间同样非常流行。这大约同开台初期，瘴疠多，得病后缺医少药，只有求助于保生大帝的情况，有相当的关系。近年来，台湾的保生大帝信众常常组织进香团，在农历三月十五日吴真人诞辰庆典时，来厦门青礁慈济官谒祖进香。青礁慈济宫在政府拨款和台胞捐助下，重修一新，并且成立了"吴真人研究会"。吴真人信仰和妈祖信仰，已经成为凝聚台湾同胞，海外侨胞的文化象征，而湄洲和青礁、白礁，也成为他们认祖归宗的朝圣地。
