回族的清真寺有一套制度。最早在教坊制度方面，实行的是“三教”制，即有一位掌教，专门掌握宣传教义、领拜说教、劝导教民；有一位阿旬辅佐掌教执行教务、专司教学；还有一位乡老，专管清真寺里日常杂事。现在，有些地方已有所突破和改进，如北方，特别是西北，所有清真寺互不隶属，每个清真寺都有一个阿旬，管事作主，招收学生，开学讲经，处理本坊的宗教事务活动。有一个在回族群众中德高望重的乡老，主管收学粮以及干“尔埋里”等宗教活动的行政事务工作，每个清真寺还有一位寺师傅，在清真寺沐浴堂烧水，斋月敲梆子等，为众人服务。现在清真寺里的阿旬，由于教派和门宦不同，实行不同的方法，有的是委任制，多数是选聘制。聘任期为一年，一年满后可以连聘。这种方法比较民主，群众如果对某一阿旬不信任可以解聘，另请高明。大一点的清真寺还成立了寺管委员会。大事由专管委员会讨论决定。
现在全国著名的回族清真大寺主要有：广州怀圣寺（相传建于唐代）、泉州清真寺（建于1131～1162年）、杭州的凤凰寺（建于1263年）、扬州清真寺（建于1257年）、北京的牛街礼拜寺（建于996年）、北京东四清真寺（建于1447年）、开封的东大寺、济宁大寺、沧州大寺、临夏南关大寺、西宁东关大寺、西安化觉寺、宁夏南关大寺、同心大寺、吴忠大寺、纳家户清真寺等等。
